En el 2004 su participación en el torneo local fue discreta, pues terminó octavo y en el 2005 terminaría duodécimo en el Torneo Apertura y octavo en el Torneo Clausura. Ese año no fue un buen año pues terminaría quinto en el Torneo Apertura y quinto en el Torneo Clausura. Para el año 2003 el club venía haciendo una mejor participación que en los dos años anteriores al mando del entrenador argentino Jorge Sampaoli, sin embargo el campeonato fue suspendido por la ADFP luego que los equipos profesionales empezaran a jugar con futbolistas sub-20 ya que los futbolistas profesionales se habían declarado en huelga por falta de pagos.
