En la temporada 1996-97 Trapattoni regresó como entrenador volviendo a conquistar el campeonato, pero en la siguiente temporada el Bayern no consiguió el título -el campeón fue el Kaiserlautern-, y Trapattoni tuvo que despedirse. Al haber conquistado este título el Estrella Roja en 1991 frente a Colo-Colo, se le reconoce oficialmente como «Campeón Mundial de Clubes» además de ser el único equipo serbio y de la extinta Yugoslavia que posee esta distinción.
